2014 में नरेंद्र मोदी सरकार के सत्ता में आने के बाद से, भारत नियमित रूप से आतंकी मॉड्यूल का भंडाफोड़ करके या सीमा पार स्थित शिविरों के खिलाफ सैन्य जवाबी कार्रवाई करके पाकिस्तान और उसके भीतर आतंकवाद के अपराधियों पर आतंकवाद का असर बढ़ाने में सक्षम रहा है। हालांकि, अमित शाह के गृह मंत्री बनने के बाद से सरकार का एक प्रमुख फोकस काउंटर-इंटेलिजेंस (सीआई) पर रहा है। पिछली सरकारों द्वारा अक्सर उपेक्षित रहे इस मुद्दे को राष्ट्रीय सुरक्षा प्रतिष्ठान ने विदेशी खुफिया एजेंसियों, उनके नेटवर्क और भारत में उनके एजेंटों के खिलाफ कार्रवाई करके प्राथमिकता दी है। इससे पहले, भारत में अपने राजनीतिक और सैन्य प्रभाव को फैला रही पश्चिमी खुफिया एजेंसियों पर शायद ही कोई रोक थी, इसके अलावा पाकिस्तान की आईएसआई और चीन की एमएसएस जैसी कुख्यात एजेंसियां भारतीय समाज और सोशल मीडिया में घुसपैठ कर रही थीं।
पिछले एक दशक में भारत की सुरक्षा को कई मोर्चों से खतरों का सामना करना पड़ा है, न केवल सीमाओं पर बल्कि देश के भीतर भी। विदेशी तत्वों ने जाली पहचान का इस्तेमाल करके सैन्य क्षेत्रों में घुसपैठ करने की कोशिश की है, कई राज्यों में दस्तावेज़ धोखाधड़ी के नेटवर्क बनाए हैं और उच्च सुरक्षा वाले प्रतिष्ठानों में निगरानी उपकरण लगाए हैं। पाकिस्तानी आईएसआई, चीनी खुफिया एजेंसियां, बांग्लादेशी आतंकी नेटवर्क और पश्चिमी खुफिया एजेंसियां और उनके भाड़े के सैनिक, सभी ने भारतीय धरती पर अपने-अपने उद्देश्यों को पूरा करने की कोशिश की है, अक्सर एक साथ। हालांकि, भारत की खुफिया एजेंसियों ने इन अभियानों को धीरे-धीरे नाकाम किया है, इनमें शामिल लोगों को गिरफ्तार किया है, उनके सहयोगियों के खिलाफ आरोप पत्र दायर किए हैं और भारतीय क्षेत्र में गहराई तक फैले नेटवर्क पर शिकंजा कसा है।
भारत की खुफिया प्रतिक्रिया एक बहुस्तरीय संस्थागत संरचना पर आधारित है। राष्ट्रीय जांच एजेंसी (एनआईए) गैरकानूनी गतिविधियां (रोकथाम) अधिनियम (यूएपीए) और आधिकारिक गोपनीयता अधिनियम के तहत संघीय अभियोजन का नेतृत्व करती है, और सीधे तौर पर संभाले गए मामलों में इसकी दोषसिद्धि दर लगभग 95% है। खुफिया ब्यूरो (आईबी) आंतरिक खुफिया जानकारी का प्रबंधन करता है और वास्तविक समय में अंतर-एजेंसी जानकारी साझा करने के लिए बहु-एजेंसी केंद्र (एमएसी) का संचालन करता है। अनुसंधान और विश्लेषण विंग (आर एंड एडब्ल्यू) विदेशी एजेंटों और सीमा पार खुफिया नेटवर्क पर नजर रखता है। सशस्त्र सीमा बल (एसएसबी), जो भारत-नेपाल सीमा की रक्षा करता है, चीनी खुफिया घुसपैठ को रोकने में केंद्रीय भूमिका निभाता रहा है। राज्य पुलिस, विशेष रूप से आंध्र प्रदेश, महाराष्ट्र, उत्तर प्रदेश और पंजाब में, कई बड़े जासूसी मामलों में पता लगाने की पहली पंक्ति रही है। सीमा सुरक्षा बल (बीएसएफ) और सेना की इकाइयों ने जमीनी स्तर के अभियानों में सहयोग दिया है जहां खुफिया और आतंकवाद के खतरे परस्पर जुड़े हुए हैं।